腕利きのバウンティ・ハンター、サムス・アランの活躍により全滅させられたかに思われた宇宙海賊（スペースパイレーツ）であったが、惑星ゼーベスの軌道上に浮かぶ宇宙船内で戦禍を逃れた一団があった。生き延びた彼らは、２つの部隊に分かれ、一方はゼーベスに戻りサムスに破壊された要塞の再建を目指した。 　他方は、新たな星での再建をめざして強力なエネルギー反応を感知したターロンIVに降り立った。彼らが目にしたのは、かつて鳥人族文明がその場所にあったことを伝える遺跡の数々であった。 　やがて彼らは、謎のエネルギーが、遺跡の１つである神殿の地下に封印された隕石から漏れ出していることを突き止める。