銀河連邦派遣の調査船は、惑星SR388で未知の生命体「メトロイド」を発見、回収した。しかし、銀河連邦への帰路、調査船は宇宙海賊に襲われ「メトロイド」を奪われてしまう。β線を照射するだけで増殖し、他の生物にとりついてエネルギーを吸い尽くすというメトロイドの能力に目をつけた宇宙海賊は、「メトロイド」を悪用し宇宙征服を企む。連邦の依頼で宇宙の海賊基地と化した惑星ゼーベスに単身乗込んだサムスは、苦闘の末宇宙海賊の地下要塞及びマザーブレインを破壊することに成功した。 前回の調査で発見されていないメトロイドを調査する目的で銀河連邦が惑星SR388に派遣した調査船が失踪を繰り返す。その原因が惑星SR388の地中深くで活動を続けているメトロイドであるとの結論に達した銀河連邦は、サムスにメトロイドの殲滅を依頼。サムスは地中深くにいたクィーンメトロイドを倒し、任務は完了するが、孵化したばかりのベビーメトロイドには手をかけることはできず、銀河連邦の宇宙科学アカデミーに持ちかえった。 サムスの攻撃から生き延びた宇宙海賊の一部によって、惑星ゼ−ベスは再建されつつあった。そんな折、リドリ−が宇宙科学アカデミーを襲い、宇宙で最後の一匹であるベビーメトロイドを奪い去った。再建された惑星ゼ−ベスに集結し、再びメトロイドを生物兵器として悪用する計画を立てる宇宙海賊たち。ベビーメトロイド奪還のため、そして宇宙海賊の野望を砕くため再び惑星ゼ−ベスへ向かったサムスは、ベビーの命の犠牲のもと、マザーブレインを破壊。宇宙海賊がニ度と復活することのないよう惑星ゼ−ベス自体を爆発した。